آران‌ای

اسید ریبونوکلئیک یا RNA (به انگلیسی: RiboNucleic Acid) همراه با DNA و پروتئین، سه مولکول درشت اصلی می‌باشد که برای همهٔ گونه‌های شناخته شدهٔ زیستی، ضروری است. آر ان ای هم مانند DNA دارای زنجیرهٔ بلندی می‌باشد که شامل اجزای سازنده‌ای به نام نوکلئوتیدها می‌باشد. هر نوکلئوتید دارای یک نوکلئوباز است که گاهی به آن باز نیتروژنی هم می‌گویند، چیدمان نوکلئوتیدهای یک ژن در DNA در فرایند رونویسی به RNA پیام‌رسان داده می‌شود، RNA پیام‌رسان به ریبوزوم ها می‌رود و در آنجا در فرایند ترجمه به پیدایش فراورده‌های ژنی می‌انجامد. برخی ویروس‌ها، از RNA به جای DNA به عنوان ماده ژنتیکی‌شان استفاده می‌کنند. همه جاندارها از RNA پیام‌رسان برای جابجایی داده‌های ژنتیکی از هسته به ریبوزوم استفاده میکنند که به ساخت پروتئین‌ها می‌انجامد.

ساختار RNA پیش‌ساز

نوعی از RNA اطلاعات را از DNA به سیتوپلاسم حمل می‌کند؛ به این نوع RNA که اطلاعات را از DNA به ریبوزوم‌ها حمل می‌کند، RNA پیک یا پیامبر(mRNA) می‌گویند. نوعی دیگر RNA حامل (tRNA) است که اسیدهای آمینه را به ریبوزوم منتقل می‌کند، تا ریبوزوم، اسیدهای آمینه را بر اساس اطلاعات موجود در mRNA کنار یکدیگر ردیف کند. نوع دیگر، RNA ریبوزومی (rRNA) است که در ساختار ریبوزوم‌ها شرکت دارد؛ این موضوع به این معناست که ریبوزوم (رناتن) ها متشکل از پروتئین ها و RNA های ریبوزومی هستند.

ساختمان

ساختار شیمیایی RNA به ساختار شیمیایی DNA بسیار شبیه است، با سه تفاوت؛ یکی این که RNA دارای قند ریبوز است در حالی که DNA دارای قند کمی متفاوت تر به نام دئوکسی‌ریبوز است (گونه‌ای از ریبوز که یک اتم اکسیژن در آن کم است)، و دوّم این که RNA دارای نوکلئوباز یوراسیل است در حالی که به جای آن DNA دارای تیمین است (یوراسیل و تیمین، خواص جفت شدن بازی مشابهی دارند).و سوم اینکه برخلاف DNA بیشتر مولکول‌های RNA تک‌رشته‌ای هستند. مولکول‌های تک‌رشته‌ای RNA ساختارهای سه بعدی بسیار پیچیده‌ای را دارند، زیرا آن‌ها مانند DNA دارای زنجیرهٔ دو رشته‌ای نیستند. (البته RNA دو رشته‌ای هم وجود دارد که زیاد در بعضی منابع ذکر نشده و فقط در درس‌های تخصصی ژنتیک گفته می‌شود) RNA درون یاخته‌های زنده توسط RNA-پلی‌مرازها ساخته می‌شوند، این [آنزیم]ها در رونویسی از روی یک الگوی RNA یا DNA به یک رشته RNA تازه کارایی دارند.

مقایسه RNA با DNA

RNA و DNA هر دو اسید نوکلئیک هستند، اما در سه چیز تفاوت دارند؛ نخست این که برخلاف DNA که دو رشته‌ای است، RNA یک مولکول تک‌رشته‌ای است و زنجیرهٔ بسیار کوتاه تری از نوکلئوتیدها را دارد. دوّم این که در حالی که DNA دارای قند دئوکسی‌ریبوز می‌باشد، RNA دارای ریبوز است (در دئوکسی‌ریبوز هیچ گروه هیدروکسیلی به حلقه پنتوزی در جایگاه ۲ پیوند ندارد). این گروه‌های هیدروکسیلی، پایداری RNA را کمتر از پایداری DNA می‌سازند زیرا داشتن گروه هیدروکسیل ریبوز را برای واکنش آبکافت آماده‌تر می‌سازد. سوّم این که برخلاف DNA در RNA، باز تکمیل‌کنندهٔ آدنین، تیمین نیست بلکه یوراسیل می‌باشد که شکل متیلی‌نشده‌ای از تیمین می‌باشد. بیشتر RNAهای کارا از دیدگاه زیستی که شامل RNA کوچک هسته‌ای، RNA رناتنی، RNA جابجایی، RNA پیام‌رسان و دیگر RNAهای بی‌رمز، گه گاه دارای چیدمان‌های خود تکمیل‌کننده‌ای هستند که به بخش‌هایی از RNA این اجازه را می‌دهند که با خودش جفت شده و تا بخورد و مارپیچ‌های دوتایی را پدیدآورند (همانند DNA). برخلاف DNA، ساختار آن‌ها دارای مارپیچ‌های دوتایی دراز نیستند اما در جای جای آن‌ها گروه‌هایی از مارپیچ‌های کوتاه دیده می‌شود. آر ان ای به جز برخی موارد استثنا، همیشه به صورت خطی وجود دارد. همچنین برخلاف DNA که از آن سه نوع موجود است، از RNA فقط یک نوع وجود دارد.

ساخته‌شدن RNA

RNA از روی یکی از رشته‌های DNA در هستهٔ یاخته‌های هوهسته ای یا بخش نوکلئوتیدی پیش‌هسته‌ها با کمک آنزیم‌های RNA-پلی‌مراز ۱ (ژن‌های RNA رناتنی) و RNA-پلی‌مراز ۲ (ژن‌های RNA پیام‌رسان) و RNA-پلی‌مراز ۳ (ژن‌های RNA جابجایی) در هوهسته‌ها و گونه‌ای آنزیم RNA-پلی‌مراز در یاخته‌های هوهسته رونویسی می‌شود.

واکنش‌های فرآوری آن‌ها را آنزیم هایی بنام RNA-پلی‌مراز، که از دی‌ان‌آ به عنوان الگوی خود بهره می‌برد، آسان می‌شود، فرایند فرآوری آن‌ها به رونویسی مشهور است. آغاز رونویسی با پیوند یک آنزیم به چیدمان برانگیزنده، که به‌طور معمول در بالادست ژن جای دارد، آغاز می‌شود. زنجیرهٔ مارپیچ دوتایی DNA، به کمک آنزیم هلیکاز باز می‌شود. این آنزیم در درازای رشتهٔ الگو از سمت '۳ آن به '۵ آن پیش می‌رود و یک مولکول RNA مکمل را می‌سازد که این RNA از آنجایی که وارونهٔ رشتهٔ الگو می‌باشد از سمت '۵ آن به '۳ آن ساخته می‌شود. در ساخت RNA، چیدمان DNA پایان ساخت RNA را هم نشان خواهد داد. RNAها پس از رونویسی، به کمک آنزیم‌های دیگری فرآوری می‌شوند و سرانجام RNA ای را پدیدمی‌آورند که در ساخت پروتئین در فرایند رمزخوانی بکار برده می‌شوند. برای نمونه، در هوهسته‌ها یک دُم چندآدنینی در فرایند چندآدنینی‌شدن و در فرایندی دیگر یک کلاهک '۵ به آن‌ها افزوده می‌شوند. در یکی دیگر از بخش‌های این فرآوری، میانه‌ها به کمک آنزیم پیرایشگر در فرایند پیرایش برداشته می‌شوند.

شماری RNA-پلی‌مراز نیز هستند که کارکردشان وابسته به RNA می‌باشد و از یک RNA به عنوان الگویشان برای ساخت یک رشتهٔ RNA تازه بهره می‌برند. برای نمونه، برخی RNAهای ویروسی، مانند ویروس فلج اطفال، این گونه آنزیم را برای رونویسی ژن‌هایشان بکار می‌برند.

ساختار

هر نوکلئوتید در RNA دارای یک قند ریبوز با کربن‌های شماره‌گذاری‌شده از ۱ تا ۵ است. یکی از بازهای آدنین، گوانین، سیتوزین، یا اوراسیل به کربن شمارهٔ ۱ پیوند می‌خورد. به آدنین و گوانین، خانوادهٔ پورین‌ها (دوحلقه‌ای‌ها) گفته می‌شود و به سیتوزین و اوراسیل، خانوادهٔ پیریمیدین‌ها (تک‌حلقه‌ای‌ها) گفته می‌شود. گروه‌های فسفات دارای یک بار منفی هستند که با پیوند به RNA، آن را یک مولکول باردار می‌سازند. بازها ممکن است پیوندهای هیدروژنی میان سیتوزین با گوانین، آدنین با اوراسیل، و گوانین با اوراسیل را تشکیل دهند. به هر حال برهمکنش‌های دیگری هم امکان‌پذیر می‌باشد، برای نمونه، پیوند یک گروه از بازهای آدنینی به همدیگر در یک برآمدگی یا تترالوپ GNRA که یک جفت باز گوانین–آدنینی دارد. ویژگی ساختاری مهم RNA که آن را از DNA جدا می‌سازد، داشتن یک گروه هیدروکسیل در کربن شمارهٔ ۲ قند ریبوز است. بودن این گروه به این می‌انجامد که در شکل هندسی زنجیرهٔ مارپیچی آن با DNA تفاوت پیدا کند. دوّمین نتیجه پیامد داشتن این گروه هیدروکسیل در کربن ۲، در نواحی انعطاف‌پذیری شکلی (تطبیقی) از یک مولکول RNA است (که در تشکیل یک مارپیچ دوتایی درگیر نیست)، RNA تنها با چهار باز توصیف می‌شود که عبارتند از آدنین، سیتوزین، گوانین، و یوراسیل، در RNA ریبوزومی، بسیاری از اصلاحات پس از رونویسی، در نواحی بسیار عملکردی اتفاق می‌افتد، از جمله مرکز پپتیدیل ترانسفراز و زیرواحد رابط، که نشان‌دهندهٔ این است که آن‌ها برای عملکرد عادی، مهم هستند. شکل عملکردی مولکول‌های تک‌رشته‌ای RNA، کاملاً مانند پروتئین‌ها، به یک ساختار سوّم ویژه‌ای نیاز دارد. چارچوب (داربست) این ساختار توسط عناصر ساختاری دوّم تولید می‌شود که همان پیوندهای هیدروژنی درون‌مولکولی هستند. این ساختار دوّم به پدید آمدن چندین نمایهٔ قابل شناسایی مانند حلقه‌های سنجاق سری، شکم‌خوردگی‌ها، و حلقه‌های درونی می‌انجامد. از آنجایی که RNA باردار است، یون‌های فلزی از جمله Mg2+ برای پایاسازی بسیاری از ساختارهای دوّم و سوّم مورد نیاز هستند.

گونه‌های RNA

RNA پیام‌رسان، RNA ای است که داده‌ها را از DNA به رناتن، جایگاه ساخت پروتئین و رمزخوانی در یاخته، می‌برد. چیدمان RNA پیام‌رسان، چیدمان اسید آمینهٔ پروتئینی که ساخته می‌شود را تعیین می‌کند.

بسیاری از RNAها به پروتئین فرآوری نمی‌شوند. بسیاری از RNAها در رمزگردانی به پروتئین فراورده نمی‌شوند. به این RNAها، RNAهای بی‌رمز می‌گویند که می‌توانند، برجسته‌ترین نمونهٔ RNA بی‌رمز RNAهای جابجایی و RNA رناتنی هستند که هر دوی آن‌ها در فرایند رمزخوانی دارای کارکرد می‌باشند.

RNAهای ویژه‌ای می‌توانند واکنش‌های شیمیایی، مانند بریدن و بستن دیگر مولکول‌های RNA، را انجام دهند و تشکیل پیوند پپتیدی را در رناتنها آسان کنند، این RNAها به RNAهای ریبوزومی مشهورند.

در فرایند رمزخوانی RNA پیام‌رسان داده‌های مورد نیاز در چیدمان اسیدهای آمینهٔ یک پروتئین را به ریبوزومها؛ کارخانه‌های ساخت پروتئین در یاخته، می‌برند. این به گونه‌ای کد می‌شود که هر سه نوکلئوتید (یک کدون) مطابق با یک اسید آمینه است. در سلول‌های یوکاریوتی، همین که mRNA پیش ساز(pre-mRNA) از DNA رونویسی شد، به mRNA بالغ پردازش (اصلاح) می‌شود. این فرایند، اینترون‌های (بخش‌های کد نشونده pre-mRNA) آن را جدا می‌کند. mRNAها سپس از هسته به سیتوپلاسم صادر می‌شود، جایی که آن به ریبوزوم متصل می‌شود و به شکل پروتئین متناظرش به کمک tRNA، ترجمه می‌شود. در سلول‌های پروکاریوتی که هسته و اجزای سیتوپلاسمی ندارند، mRNA می‌تواند به ریبوزوم‌ها متصل شود در حالیکه آن از DNA رونوشت برداری (رونویسی) می‌شود. بعد از مقدار خاصی از زمان، پیام به نوکلئوتیدهای مؤلفه خودش با یاری ریبونوکلئازها تجزیه می‌شود. RNA ناقل(tRNA)، یک زنجیره RNA کوچک با حدود ۸۰ نوکلئوتید است که یک اسید آمینه خاص را به زنجیره پلی پپتیدی در حال رشد در محل ریبوزومی سنتز پروتئین در طی ترجمه، منتقل می‌کند. این‌ها محل‌هایی برای اتصال اسید آمینه و یک ناحیه آنتی کدون برای تشخیص کدون دارد که به یک توالی خاص بر روی زنجیره RNA پیام‌رسان از طریق پیوند هیدروژنی متصل می‌شود.

RNA ریبوزومی: جزء کاتالتیک ریبوزوم‌ها می‌باشند. ریبوزوم‌های یوکاریوتی حاوی ۴ مولکول rRNA مختلف می‌باشند: rRNAهای 18S, 5.8S, 28S و 5S. سه عدد از مولکول هایrRNA در هسته سنتز می‌شوند و دیگری در جای دیگر سنتز می‌شود. در سیتوپلاسم، RNA ریبوزومی و پروتئین برای تشکیل یک نوکلئوپروتئین که ریبوزوم نامیده می‌شود، ترکیب می‌شوند. ریبوزوم به mRNA متصل می‌شود و سنتز پروتئین را عملی (اجرا) می‌کند. چندین ریبوزوم ممکن است به یک mRNA منفرد در هر زمانی متصل شوند. rRNA بی‌نهایت فراوان است و ۸۰٪ از 10 mg/ml RNA یافت شده در یک سیتوپلاسم یوکاریوت نمونه‌ای را تشکیل می‌دهد. RNA پیامبر-ناقل (tmRNA) در بسیاری از باکتری‌ها و پلاستیدها یافت می‌شود. این، پروتئین‌های کد شده توسط RNA پیامبر (m RNA) را نشان دار می‌کند که فاقد کدون‌های توقف برای تجزیه هستند و ریبوزوم را از ماندن (قصور)، بازمی‌دارد (جلوگیری می‌کند). RNAهای تنظیمی: چندین نوع از RNA می‌تواند بیان ژن را توسط مکمل یکدیگر بودن (متمم بودن) برای یک بخش mRNA یا یک DNA ژن، فروتنظیم کند. (فروتنظیمی یا DN فرایندی است که به وسیلهٔ آن، یک سلول؛ کمیت یک جزء سلولی مانند پروتئین یا RNA را در پاسخ به یک متغیر خارجی کاهش می‌دهد. افزایش یک جزء سلولی، فراتنظیمی نامیده می‌شود). RNAهای کوچک (miRNA): با ۲۱تا ۲۲ نوکلئوتید در یوکاریوت‌ها یافت می‌شود و از طریق مداخله RNA(RNAi) عمل می‌کنند، جاییکه یک کمپلکس مؤثر از miRNA و آنزیم‌ها می‌توانند mRNA را به miRNA که متمم است بشکند، mRNA را از ترجمه شدن ممانعت کند، یا تجزیه آن را تسریع کند. در حالیکه RNAهای مداخله‌ای کوچک (siRNA; 20-25 nt)، غالباً توسط تجزیه (شکستن) RNA ویروسی تولید می‌شوند، همچنین منابع درون زادی نیز از siRNA ها وجود دارد. siRNA ها از طریق مداخله RNA در یک روش مشابه با miRNA عمل می‌کنند. بعضی از siRNAها و miRNAها می‌توانند ژن‌هایی را که آن‌ها نشان دار می‌کنند، متیله شوند که بدان وسیله، رونویسی این ژن‌ها را کاهش یا افزایش می‌دهد. جانوران، RNAهای برهمکنش دهنده Piwi (piRNA; 29-30 nt) دارند که درسلول‌های جنینی فعال هستند و تصور می‌شوند که یک دفاعی در برابر ترانسپوزون‌ها باشند و یک نقش در گامتوژنز ایفا کنند. بسیاری از پروکاریوت‌ها، RNAهای CRISPR، یک سیستم تنظیمی مشابه باRNAi، دارند. RNAهای آنتی سنس بسیار گسترده و وسیع هستند، اکثراً یک ژن را فروتنظیم می‌کنند، اما تعدادی نیز فعال‌کننده رونویسی هستند. یک روشی که RNA آنتی سنس می‌تواند عمل کند، از طریق اتصال به یک mRNA، تشکیل یک RNA دورشته‌ای می‌باشد که به‌طور آنزیمی تجزیه می‌شود. RNAهای غیر کدکننده طویل بسیاری وجود دارد که ژن‌ها را در یوکاریوت‌ها تنظیم می‌کند، یکی از این RNAها،xist است که یک کروموزوم x را در پستانداران ماده می‌پوشاند و آن را غیرفعال می‌کند. یک mRNA ممکن است حاوی اجزای تنظیمی به خودی خودش باشد، از جمله riboswitch ها، در ناحیه ترجمه نشونده ۵' یا ناحیه ترجمه نشونده ۳'. این عناصر تنظیمی سیس، فعالیت آن mRNA را تنظیم می‌کنند. ناحیه‌های ترجمه نشونده همچنین ممکن است حاوی عناصری باشند که دیگر ژن را تنظیم می‌کنند.

پردازش RNA

RNAهای بسیاری در اصلاح RNA های دیگر درگیر هستند. اینترون‌ها از pre-mRNA به وسیلهٔ spliceosome ها پردازش می‌شوند که حاوی چندین RNA کوچک هسته‌ای (snRNA) هستند. یا اینترون‌ها می‌توانند ریبوزیم‌هایی شوند که توسط خودشان پردازش می‌شوند. RNA می‌تواند همچنین توسط نگه داشتن نوکلئوتیدهای اصلاح شده اش برای نوکلئوتیدهای به غیر از A, C, G و U، تغییر یابد. دریوکاریوت‌ها، اصلاحات نوکلئوتیدهای RNAعموماً توسط RNA هستکی کوچک(snoRNA; 60-300 nt) هدایت می‌شود، که در هستک و اجسام cajal یافت می‌شوند. snoRNA ها با آنزیم‌ها همکاری می‌کنند و آن‌ها را به یک موضع (نقطه) بر روی RNA توسط جفت شدن بازی به آن RNA، هدایت می‌کنند. این آنزیم‌ها سپس اصلاح نوکلئوتیدی را انجام می‌دهند. rRNA هاو tRNA ها به‌طور وسیعی اصلاح شده هستند، اما snRNA هاو mRNA ها می‌توانند همچنین هدف اصلاح شدن بازی قرار بگیرند.

ژنوم‌های RNAی

مانند DNA, RNA می‌تواند اطلاعات ژنتیکی را حمل کند. ویروسی‌های RNAیی، ژنوم‌هایی مرکب از RNA و انواعی از پروتئین‌های کد شده توسط آن ژنوم را دارند. ژنوم ویروسی توسط بعضی از آن پروتئین‌ها رونوشت برداری می‌شوند، درحالیکه دیگر پروتئین‌ها ژنوم را محافظت می‌کنند به محض اینکه ذره ویروسی به یک سلول میزبان وارد می‌شود. ویروئیدها گروه دیگری از پاتوژن‌ها هستند، اما آن‌ها فقط حاویRNA هستند، نه هیچ پروتئینی را کد می‌کنند و توسط یک پلیمراز سلول گیاهی میزبان رونوشت برداری می‌شود .

رونویسی وارونه

ویروس‌های رونوشت بردار معکوس، ژنومشان را به وسیلهٔ نسخه‌های DNA رونوشت معکوس از RNAهایشان، رونوشت برداری می‌کنند. این نسخه‌های DNA سپس به یک RNA جدید رونویسی می‌شوند. رتروترانسپوزونها(Retrotransposon) همچنین توسط کپی شدن DNA و RNAاز یکدیگر پخش (گسترش) می‌یابند و تلومراز حاوی یک RNA می‌باشد که بنوان الگو برای ساختن پایانه‌های کروموزوم‌های یوکاریوتی استفاده می‌شوند.

RNA دورشته‌ای

RNA دورشته‌ای (dsRNA) رِنایی است با دو رشته مکمل یکدیگر که همانند DNA در همهٔ یاخته‌ها یافت می‌شود. RNA دورشته‌ای، مادهٔ ژنتیکی برخی ویروس‌ها را می‌سازد. RNA دورشته‌ای شامل RNA ویروسی و RNA خاموشگر می‌توانند در رمزخوانی ژن دگرگونی پدیدآورند. این دگرگونی بیشتر از راه جفت شدن با RNA پیام‌رسان و سرکوب کارایی آن که به کم شدن فراورده‌های ژنی می‌انجامد، پدید می‌آید.

کشفهای کلیدی در زیست‌شناسی RNA

تحقیق بر روی RNA منجربه کشف‌های زیست شناختی مهم و جوایز نوبل متعددی شده‌است. اسید نوکلئیک‌ها در سال ۱۸۶۸ توسط Friedrich Miescher کشف شد؛ کسی که ماده نوکلئین را به دلیل این که در هسته پیدا شد را نامگذاری کرد. این بعداً کشف شد که سلول‌های پروکاریوتی که هسته‌ای ندارند، نیز همچنین حاوی اسیدهای نوکلئیک هستند. نقش RNA در سنتز پروتئین همواره در سال ۱۹۳۹ مورد توجه بود. Severo Ochoaجایزه نوبل را در سال ۱۹۵۹(مشترکاً با Arthur Kornberg) برنده شد، بعد از این که او یک آنزیمی را کشف کرد که RNA را در آزمایشگاه سنتز می‌کرد. به‌طور طعنه آمیزی، آنزیم کشف شده توسط Severo Ochoa(polynucleotide phosphorylase) بعدها نشان داده شد که برای تجزیه RNA مسئول باشد نه این که RNA را سنتز کند. توالی ۷۷ نوکلئوتید از یک Trna مخمر توسط Robert W. Holley در سال۱۹۶۵ پی برده شد. برنده جایزه نوبل ۱۹۶۸در داروسازی (مشترکاً با Har Gobind Khorana و Marshall Nirenberg). در سال1967 Carl Woese، فرضیه داد که RNA ممکن است کاتالتیک باشد و پیشنهاد کرد که ابتدایی‌ترین اشکال حیات (مولکول‌های خودرونوشت بردار) توانستند هم برای حمل اطلاعات ژنتیکی شان و هم برای کاتالیز واکنش‌های بیوشیمیایی شان به RNA تکیه کنند.

پانویس

جستارهای وابسته

منابع

Biologie moléculaire de la cellule, by Bruce Alberts, Flammarion, 4th edition, 2004
a b c Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L (2002). Biochemistry (5th ed.). WH Freeman and Company. pp. 118–19, 781–808. شابک ‎۰−۷۱۶۷−۴۶۸۴−۰. OCLC 48055706 59502128 179705944 48055706 59502128.
Higgs PG (2000). "RNA secondary structure: physical and computational aspects". Quarterly Reviews of Biophysics 33: 199–253. doi:10.1017/S0033583500003620. PMID 11191843.
a b Nissen P, Hansen J, Ban N, Moore PB, Steitz TA (2000). "The structural basis of ribosome activity in peptide bond synthesis". Science 289 (5481): 920–30. doi:10.1126/science.289.5481.920. PMID 10937990.
a b Lee JC, Gutell RR (2004). "Diversity of base-pair conformations and their occurrence in rRNA structure and RNA structural motifs". J. Mol. Biol. 344 (5): 1225–49. doi:10.1016/j.jmb.2004.09.072. PMID 15561141.
Barciszewski J, Frederic B, Clark C (1999). RNA biochemistry and biotechnology. Springer. pp. 73–87. ISBN 0-7923-5862-7. OCLC 52403776.
Salazar M, Fedoroff OY, Miller JM, Ribeiro NS, Reid BR (1992). "The DNA strand in DNAoRNA hybrid duplexes is neither B-form nor A-form in solution". Biochemistry 32 (16): 4207–15. doi:10.1021/bi00067a007. PMID 7682844.
Hermann T, Patel DJ (2000). "RNA bulges as architectural and recognition motifs". Structure 8 (3): R47–R54. doi:10.1016/S0969-2126(00)00110-6. PMID 10745015.
Mikkola S, Nurmi K, Yousefi-Salakdeh E, Strömberg R, Lönnberg H (1999). "The mechanism of the metal ion promoted cleavage of RNA phosphodiester bonds involves a general acid catalysis by the metal aquo ion on the departure of the leaving group". Perkin transactions 2 (8): 1619–26. doi:10.1039/a903691a.
Jankowski JAZ, Polak JM (1996). Clinical gene analysis and manipulation: Tools, techniques and troubleshooting. Cambridge University Press. pp. 14. ISBN 0-521-47896-0. OCLC 33838261.
Yu Q, Morrow CD (2001). "Identification of critical elements in the tRNA acceptor stem and TΨC loop necessary for human immunodeficiency virus type 1 infectivity". J Virol. 75 (10): 4902–6. doi:10.1128/JVI.75.10.4902-4906.2001. PMID 11312362.
Elliott MS, Trewyn RW (1983). "Inosine biosynthesis in transfer RNA by an enzymatic insertion of hypoxanthine". J. Biol. Chem. 259 (4): 2407–10. PMID 6365911.
Söll D, RajBhandary U (1995). TRNA: Structure, biosynthesis, and function. ASM Press. pp. 165. ISBN 1-55581-073-X. OCLC 30663724 183036381 30663724.
Kiss T (2001). "Small nucleolar RNA-guided post-transcriptional modification of cellular RNAs". The EMBO Journal 20: 3617–22. doi:10.1093/emboj/20.14.3617. PMC 125535. PMID 11447102.
King TH, Liu B, McCully RR, Fournier MJ (2002). "Ribosome structure and activity are altered in cells lacking snoRNPs that form pseudouridines in the peptidyl transferase center". Molecular Cell 11 (2): 425–35. doi:10.1016/S1097-2765(03)00040-6. PMID 12620230.
Mathews DH, Disney MD, Childs JL, Schroeder SJ, Zuker M, Turner DH (2004). "Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of RNA secondary structure". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101 (19): 7287–92. doi:10.1073/pnas.0401799101. PMC 409911. PMID 15123812.
Tan ZJ, Chen SJ (2008). "Salt dependence of nucleic acid hairpin stability". Biophys. J. 95 (2): 738–52. doi:10.1529/biophysj.108.131524. PMC 2440479. PMID 18424500.
Nudler E, Gottesman ME (2002). "Transcription termination and anti-termination in E. coli". Genes to Cells 7: 755–68. doi:10.1046/j.1365-2443.2002.00563.x. PMID 12167155.
Jeffrey L Hansen, Alexander M Long, Steve C Schultz (1997). "Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus". Structure 5 (8): 1109–22. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. PMID 9309225.
Ahlquist P (2002). "RNA-Dependent RNA Polymerases, Viruses, and RNA Silencing". Science 296 (5571): 1270–73. doi:10.1126/science.1069132. PMID 12016304.
a b c Cooper GC, Hausman RE (2004). The Cell: A Molecular Approach (3rd ed.). Sinauer. pp. 261–76, 297, 339–44. شابک ‎۰−۸۷۸۹۳−۲۱۴−۳. OCLC 52121379 52359301 56050609 174924833 52121379 52359301 56050609.
Mattick JS, Gagen MJ (۱ سپتامبر ۲۰۰۱). "The evolution of controlled multitasked gene networks: the role of introns and other noncoding RNAs in the development of complex organisms". Mol. Biol. Evol. 18 (9): 1611–30. PMID 11504843. http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=11504843.
Mattick, JS (2001). "Noncoding RNAs: the architects of eukaryotic complexity". EMBO Reports 2 (11): 986–91. doi:10.1093/embo-reports/kve230. PMC 1084129. PMID 11713189. https://web.archive.org/web/20051227234650/http://emboreports.npgjournals.com/cgi/content/full/2/11/986.
Mattick JS (اکتبر ۲۰۰۳). "Challenging the dogma: the hidden layer of non-protein-coding RNAs in complex organisms". BioEssays: News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology 25 (10): 930–9. doi:10.1002/bies.10332. PMID 14505360. https://web.archive.org/web/20090306105646/http://www.imb-jena.de/jcb/journal_club/mattick2003.pdf.
Mattick JS (اکتبر ۲۰۰۴). "The hidden genetic program of complex organisms". Scientific American 291 (4): 60–7. doi:10.1038/scientificamerican1004-60. PMID 15487671. http://www.sciam.com/article.cfm?articleID=00045BB6-5D49-1150-902F83414B7F4945.
a b c Wirta W (2006). Mining the transcriptome – methods and applications. Stockholm: School of Biotechnology, Royal Institute of Technology. ISBN 91-7178-436-5. OCLC 185406288. http://kth.diva-portal.org/smash/get/diva2:10803/FULLTEXT01.
Rossi, JJ (2004). "Ribozyme diagnostics comes of age". Chemistry & Biology 11 (7): 894–95. doi:10.1016/j.chembiol.2004.07.002. PMID 15271347.
Kampers T, Friedhoff P, Biernat J, Mandelkow E-M, Mandelkow E (1996). "RNA stimulates aggregation of microtubule-associated protein tau into Alzheimer-like paired helical filaments". FEBS Letters 399 (3): 104D. doi:10.1016/S0014-5793(96)01386-5. PMID 8985176.
Gueneau de Novoa P, Williams KP (2004). "The tmRNA website: reductive evolution of tmRNA in plastids and other endosymbionts". Nucleic Acids Res. 32 (Database issue): D104–8. doi:10.1093/nar/gkh102. PMC 308836. PMID 14681369.
Wu L, Belasco JG (ژانویه ۲۰۰۸). "Let me count the ways: mechanisms of gene regulation by miRNAs and siRNAs". Mol. Cell 29 (1): 1–7. doi:10.1016/j.molcel.2007.12.010. PMID 18206964.
Matzke MA, Matzke AJM (2004). "Planting the seeds of a new paradigm". PLoS Biology 2 (5): e133. doi:10.1371/journal.pbio.0020133. PMC 406394. PMID 15138502.
Vazquez F, Vaucheret H, Rajagopalan R, Lepers C, Gasciolli V, Mallory AC, Hilbert J, Bartel DP, Crété P (2004). "Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs". Molecular Cell 16 (1): 69–79. doi:10.1016/j.molcel.2004.09.028. PMID 15469823.
Watanabe T, Totoki Y, Toyoda A, et al. (مه ۲۰۰۸). "Endogenous siRNAs from naturally formed dsRNAs regulate transcripts in mouse oocytes". Nature 453 (7194): 539–43. doi:10.1038/nature06908. PMID 18404146.
Sontheimer EJ, Carthew RW (ژوئیه ۲۰۰۵). "Silence from within: endogenous siRNAs and miRNAs". Cell 122 (1): 9–12. doi:10.1016/j.cell.2005.06.030. PMID 16009127.
Doran G (2007). "RNAi – Is one suffix sufficient?". Journal of RNAi and Gene Silencing 3 (1): 217–19. https://web.archive.org/web/20070716115053/http://www.libpubmedia.co.uk/RNAiJ-Issues/Issue-5/Doran.htm.
Pushparaj PN, Aarthi JJ, Kumar SD, Manikandan J (2008). "RNAi and RNAa - The Yin and Yang of RNAome". Bioinformation 2 (6): 235–7. PMC 2258431. PMID 18317570.
Horwich MD, Li C Matranga C, Vagin V, Farley G, Wang P, Zamore PD (2007). "The Drosophila RNA methyltransferase, DmHen1, modifies germline piRNAs and single-stranded siRNAs in RISC". Current Biology 17: 1265–72. doi:10.1016/j.cub.2007.06.030. PMID 17604629.
Girard A, Sachidanandam R, Hannon GJ, Carmell MA (2006). "A germline-specific class of small RNAs binds mammalian Piwi proteins". Nature 442 (7099): 199–202. doi:10.1038/nature04917. PMID 16751776.
Horvath P, Barrangou R (2010). "CRISPR/Cas, the Immune System of Bacteria and Archaea". Science 327 (5962): 167. doi:10.1126/science.1179555. PMID 20056882. http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/327/5962/167.
Wagner EG, Altuvia S, Romby P (2002). "Antisense RNAs in bacteria and their genetic elements". Adv Genet. 46: 361–98. doi:10.1016/S0065-2660(02)46013-0. PMID 11931231.
Gilbert SF (2003). Developmental Biology (7th ed.). Sinauer. pp. 101–3. ISBN 0-87893-258-5. OCLC 154663147 174530692 177000492 177316159 51544170 54743254 59197768 61404850 66754122 154656422 154663147 174530692 177000492 177316159 51544170 54743254 59197768 61404850 66754122.
Amaral PP, Mattick JS (اکتبر ۲۰۰۸). "Noncoding RNA in development". Mammalian genome: official journal of the International Mammalian Genome Society 19 (7–8): 454. doi:10.1007/s00335-008-9136-7. PMID 18839252.
Heard E, Mongelard F, Arnaud D, Chureau C, Vourc'h C, Avner P (1999). "Human XIST yeast artificial chromosome transgenes show partial X inactivation center function in mouse embryonic stem cells". Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96 (12): 6841–46. doi:10.1073/pnas.96.12.6841. PMC 22003. PMID 10359800.
Batey RT (2006). "Structures of regulatory elements in mRNAs". Curr. Opin. Struct. Biol. 16 (3): 299–306. doi:10.1016/j.sbi.2006.05.001. PMID 16707260.
Scotto L, Assoian RK (ژوئن ۱۹۹۳). "A GC-rich domain with bifunctional effects on mRNA and protein levels: implications for control of transforming growth factor beta 1 expression". Mol. Cell. Biol. 13 (6): 3588–97. PMC 359828. PMID 8497272. http://mcb.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=8497272.
Steitz TA, Steitz JA (1993). "A general two-metal-ion mechanism for catalytic RNA". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90 (14): 6498–502. doi:10.1073/pnas.90.14.6498. PMC 46959. PMID 8341661.
Xie J, Zhang M, Zhou T, Hua X, Tang L, Wu W (2007). "Sno/scaRNAbase: a curated database for small nucleolar RNAs and cajal body-specific RNAs". Nucleic Acids Res. 35 (Database issue): D183–7. doi:10.1093/nar/gkl873. PMC 1669756. PMID 17099227.
Omer AD, Ziesche S, Decatur WA, Fournier MJ, Dennis PP (2003). "RNA-modifying machines in archaea". Molecular Microbiology 48 (3): 617–29. doi:10.1046/j.1365-2958.2003.03483.x. PMID 12694609.
Daròs JA, Elena SF, Flores R (2006). "Viroids: an Ariadne's thread into the RNA labyrinth". EMBO Rep. 7 (6): 593–8. doi:10.1038/sj.embor.7400706. PMC 1479586. PMID 16741503.
Kalendar R, Vicient CM, Peleg O, Anamthawat-Jonsson K, Bolshoy A, Schulman AH (2004). "Large retrotransposon derivatives: abundant, conserved but nonautonomous retroelements of barley and related genomes". Genetics 166 (3): D339. doi:10.1534/genetics.166.3.1437. PMC 1470764. PMID 15082561.
Podlevsky JD, Bley CJ, Omana RV, Qi X, Chen JJ (2008). "The telomerase database". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D339–43. doi:10.1093/nar/gkm700. PMC 2238860. PMID 18073191.
Blevins T et al. (2006). "Four plant Dicers mediate viral small RNA biogenesis and DNA virus induced silencing". Nucleic Acids Res 34 (21): 6233–46. doi:10.1093/nar/gkl886. PMC 1669714. PMID 17090584.
Jana S, Chakraborty C, Nandi S, Deb JK (2004). "RNA interference: potential therapeutic targets". Appl. Microbiol. Biotechnol. 65 (6): 649–57. doi:10.1007/s00253-004-1732-1. PMID 15372214.
Schultz U, Kaspers B, Staeheli P (2004). "The interferon system of non-mammalian vertebrates". Dev. Comp. Immunol. 28 (5): 499–508. doi:10.1016/j.dci.2003.09.009. PMID 15062646.
Dahm R (2005). "Friedrich Miescher and the discovery of DNA". Developmental Biology 278 (2): 274–88. doi:10.1016/j.ydbio.2004.11.028. PMID 15680349.
Caspersson T, Schultz J (1939). "Pentose nucleotides in the cytoplasm of growing tissues". Nature 143 (3623): 602–3. doi:10.1038/143602c0.
Ochoa S (1959). "Enzymatic synthesis of ribonucleic acid". Nobel Lecture. http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1959/ochoa-lecture.pdf.
Holley RW et al. (1965). "Structure of a ribonucleic acid". Science 147 (1664): 1462–65. doi:10.1126/science.147.3664.1462. PMID 14263761.
Siebert S (2006). "Common sequence structure properties and stable regions in RNA secondary structures". Dissertation, Albert-Ludwigs-Universität, Freiburg im Breisgau. pp. 1. https://web.archive.org/web/20120309212648/http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=982323891&dok_var=d1&dok_ext=pdf&filename=982323891.pdf.
Szathmáry E (1999). "The origin of the genetic code: amino acids as cofactors in an RNA world". Trends Genet. 15 (6): 223–9. doi:10.1016/S0168-9525(99)01730-8. PMID 10354582.
Fiers W et al. (1976). "Complete nucleotide-sequence of bacteriophage MS2-RNA: primary and secondary structure of replicase gene". Nature 260 (5551): 500–7. doi:10.1038/260500a0. PMID 1264203.
Napoli C, Lemieux C, Jorgensen R (1990). "Introduction of a chimeric chalcone synthase gene into petunia results in reversible co-suppression of homologous genes in trans". Plant Cell 2 (4): 279–89. doi:10.1105/tpc.2.4.279. PMC 159885. PMID 12354959.
Dafny-Yelin M, Chung SM, Frankman EL, Tzfira T (دسامبر ۲۰۰۷). "pSAT RNA interference vectors: a modular series for multiple gene down-regulation in plants". Plant Physiol. 145 (4): 1272–81. doi:10.1104/pp. 107.106062. PMC 2151715. PMID 17766396.
Ruvkun G (2001). "Glimpses of a tiny RNA world". Science 294 (5543): 797–99. doi:10.1126/science.1066315. PMID 11679654.
Fichou Y, Férec C (2006). "The potential of oligonucleotides for therapeutic applications". Trends in Biotechnology 24 (12): 563–70. doi:10.1016/j.tibtech.2006.10.003. PMID 17045686.