پی‌فم

Pfam
محتوا
توضیح	ارائهٔ هم‌ترازسازی‌ها و مدل‌های پنهان مارکوف برای دومِـین‌های پروتئین
گونه‌های داده‌های; گرفته‌شده	خانواده‌های پروتئین
ارگانیسم‌ها	تمامی جانداران
تماس
مرکز پژوهش	مؤسسهٔ بیوانفورماتیک اروپا
استناد ابتدایی	PubMed
دسترسی
قالب داده‌ها	قالب استکهلم
وب‌گاه	pfam.xfam.org
نشانی اینترنتی دریافت	FTP 1 FTP 2
گوناگون
پروانه	گنو ال‌جی‌پی‌ال
نسخه	۳۳٫۱
نهادهای قابل بوکمارک	بله

پی‌فَـم (انگلیسی: Pfam) که در انگلیسی برگرفته از عبارت «Protein families» است، یک پایگاه داده از خانواده‌های پروتئین است که حاوی توصیف و توضیح‌نویسی و همچنین هم‌ترازسازی چند توالی است که با استفاده از مدل پنهان مارکوف ایجاد شده‌است. جدیدترین نسخهٔ پی‌فَـم، نسخهٔ ۳۳٫۱ است که در ماه مه ۲۰۲۰ میلادی به‌روزرسانی شد و ۱۸٬۲۵۹ خانوادهٔ پروتئینی را در بر می‌گیرد.

پژوهشگران با مراجعه به پی‌فَـم می‌توانند برای هر خانوادهٔ پروتئینی، این موارد را ببینند:

توصیف هر خانوادهٔ پروتئینی
مشاهدهٔ هم‌ترازسازی چند توالی
دیدن ساختار دومین پروتئین
بررسی توزیع گونه‌ای
ردگیری و تعقیب پیوندها به سایر پایگاه‌های داده
مشاهدهٔ ساختمان‌های شناخته‌شدهٔ پروتئین‌ها

جستارهای وابسته

منابع

↑ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2008). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D281–8. doi:10.1093/nar/gkm960. PMC 2238907. PMID 18039703.
↑ Finn, R. D.; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, S. R.; Sonnhammer, E. L.; Bateman, A. (Jan 2006). "Pfam: clans, web tools and services" (Free full text). Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D247–D251. doi:10.1093/nar/gkj149. ISSN 0305-1048. PMC 1347511. PMID 16381856.
↑ Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. (2004). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): 138D–1141. doi:10.1093/nar/gkh121. ISSN 0305-1048. PMC 308855. PMID 14681378.
↑ Finn, Rob; Mistry, Jaina (8 March 2017). "Pfam 31.0 is released". Xfam Blog. Retrieved 13 March 2017.

[pmid18039703-1] Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A (2008). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D281–8. doi:10.1093/nar/gkm960. PMC 2238907. PMID 18039703.

[pmid16381856-2] Finn, R. D.; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, S. R.; Sonnhammer, E. L.; Bateman, A. (Jan 2006). "Pfam: clans, web tools and services" (Free full text). Nucleic Acids Research. 34 (Database issue): D247–D251. doi:10.1093/nar/gkj149. ISSN 0305-1048. PMC 1347511. PMID 16381856.

[pmid14681378-3] Bateman, A.; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, R. D.; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, E. L.; Studholme, D. J.; Yeats, C.; Eddy, S. R. (2004). "The Pfam protein families database". Nucleic Acids Research. 32 (Database issue): 138D–1141. doi:10.1093/nar/gkh121. ISSN 0305-1048. PMC 308855. PMID 14681378.

[Pfamrelnotes-4] Finn, Rob; Mistry, Jaina (8 March 2017). "Pfam 31.0 is released". Xfam Blog. Retrieved 13 March 2017.