زاهدی در طول جنگ ایران و عراق فرماندهی تیپ ۴۴ قمر بنی‌هاشم (استان چهارمحال و بختیاری) را برعهده داشت. وی پیش‌تر در فاصله سالهای ۱۳۸۴ تا ۱۳۸۷ به‌عنوان فرمانده نیروی زمینی سپاه پاسداران فعالیت می‌کرد و از ۱۳۹۵ تا ۱۳۹۸ نیز معاونت عملیات سپاه پاسداران را برعهده داشت. در سال ۱۳۵۹ به سپاه پاسداران پیوست و در طول جنگ ایران و عراق از فرمانده‌های میانی سپاه بود. وی در فاصله سالهای ۱۳۶۵ تا ۱۳۷۰ فرماندهی لشکر ۱۴ امام حسین را برعهده داشت. او در سال ۱۳۸۴ برای مدت کوتاهی فرمانده نیروی هوایی سپاه پاسداران بود. وی از ۱۳۸۷ تا ۱۳۹۵ در نیروی قدس فعالیت می‌کرد و فرمانده سپاه سوریه و لبنان بود.
محمدرضا زاهدی در ۱۱ آبان ۱۳۳۹ در اصفهان و در خانواده ای سنتی و مذهبی متولد شد. پدرش شیخ محمد زاهدی از روحانیون رهنان بود. زاهدی پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ در سال ۱۳۵۹ به سپاه پاسداران پیوست و همراه جمعی از اعضای سپاه به کردستان رفت و به مقابله با نیروهای حزب دموکرات کردستان پرداخت. او پس از آغاز جنگ ایران و عراق و در طول آن از فرماندهان میانی سپاه بود.
با آغاز جنگ ایران و عراق زاهدی به همراه حسین خرازی و رحیم صفوی خط دفاعی شیر را در منطقه دارخوین راه اندازی کرد. زاهدی در عملیات طریق‌القدس فرمانده‌گردان لشکر ۱۴ امام حسین بود و در عملیات فتح‌المبین معاون عملیات لشکر امام حسین شد.زاهدی در عملیات رمضان و با تشکیل سپاه سوم، مدتی فرمانده لشکر امام حسین شد و پس از عملیات خیبر فرماندهی تیپ ۴۴ قمر بنی‌هاشم را از سال ۱۳۶۲ الی ۱۳۶۵ برعهده داشت. شورای ائتلاف نیروهای انقلاب اسلامی ادعا می‌کند که زاهدی یکی از طراحان حمله حماس به اسرائیل در هفتم اکتبر ۲۰۲۳ بوده است.
او سمت‌های زیر را بر عهده داشت:
در سالهای ۱۳۶۵ تا ۱۳۷۰ فرمانده لشکر ۱۴ امام حسین بود
در سال ۱۳۸۴ برای مدتی کوتاه فرماندهی نیروی هوایی سپاه پاسداران را برعهده داشت.
با کشته شدن احمد کاظمی، محمدرضا زاهدی از نیروی هوایی به نیروی زمینی سپاه برگشت و از ۱۳۸۴ تا ۱۳۸۷ با حکم سیدعلی خامنه‌ای فرمانده نیروی زمینی سپاه پاسداران بود.
از ۱۳۸۴ تا ۱۳۸۵ با حفظ سمت فرمانده نیروی زمینی سپاه پاسداران مسئولیت فرماندهی قرارگاه ثارالله را نیز بر عهده داشت.
از ۱۳۹۵ تا ۱۳۹۸ معاون عملیات سپاه پاسداران بود.
وی از ۱۳۸۷ تا ۱۳۹۵ در نیروی قدس فعالیت می‌کرد و فرمانده سپاه سوریه و لبنان بود.
در ۱۳ فروردین ۱۴۰۳، زاهدی حین حملهٔ هوایی اسرائیل به ساختمان کنسول‌گری سفارت ایران در دمشق، سوریه شهید شد.به گفتهٔ حسین اکبری، سفیر ایران، بین پنج تا هفت نفر در این حملهٔ هوایی شهید شدند. به گفتهٔ رسانه‌های دولتی سوریه، این حمله باعث «ویرانی گسترده» ساختمان کنسول‌گری و همچنین خسارت به ساختمان‌های مجاور شد. زاهدی ارشدترین افسر سپاه از زمان ترور قاسم سلیمانی توسط آمریکا در ژانویهٔ ۲۰۲۰ است که کشته شد.پیکر زاهدی پس از تشییع در تهران و اصفهان، در ۱۸ فروردین ۱۴۰۳ در گلستان شهدای اصفهان و بنا بر وصیتش در کنار مزار شهید حسین خرازی و شهید احمد کاظمی بخاک سپرده شد
