شبکه فیلوژنتیک
شبکه فیلوژنتیک گرافی است که جهت نشان دادن ارتباط تکاملی (به صورت صریح یا غیر صریح) بین دنباله نوکلئوتیدها، ژن‌ها، کروموزوم‌ها، ژنوم‌ها، یا گونه‌ها استفاده می‌شود. شبکه فیلوژنتیک وقتی مورد استفاده قرار می‌گیرد که شبکه‌ای از وقایع مانند انتقال عمومی ژن، جفت گیری، تکثیر ژن و انقراض مورد بحث باشد. شبکه فیلوژنتیک یک مدل شدن کاملاً متفاوت با درخت فیلوژنتیک هستند. به این معنی که ندهای هیبرید(ند با دو والد)به جای ندهای درختی (ند با یک والد) اضافه شده‌اند. درخت‌های فیلوژنتیک یک زیر مجموعه از شبکه‌های فیلوژنتیک هستند. شبکه‌های فیلوژنتیک را می‌توان با نرم افزارهایی مانند SplitsTree به تصویر کشید. شکل استاندارد برای نمایش شبکه‌های فیلوژنتیک استفاده از مدل Newick format است، که شبکه‌ها را به خوبی درختان پشتیبانی می‌کند.
چندین نوع و زیر مجموعه از شبکه‌های فیلوژنتیک بر پایه پدیده‌های زیستی نمایش داده می‌شوند، یا تاریخ آنها ساخته می‌شود(مثلاً شبکه‌های هیبریدی معمولاً با استفاده از ریشه درخت ریشه دار ساخته می‌شوند، شبکه‌های جفت‌گیری از روی دنباله باینری، شبکه‌های میانه از روی یک مجکوعه از splitهاو...)
Microevolution
با استفاده ار درختان فیلوژنتیک نمی توان پدیده‌های مربوط به microevolution را نشان داد. برای مثال توزیع جغرافیایی جمعیت موش ابی یا ماهی از یک گونه خاص در میان شبکه رودخانه ها، زیرا یک گونه مرزی وجود ندارد که از انتقال ژن جلوگیری کند. برای دیدن شبکه‌های فیلوژنتیک عمومی و کاربرد آنها، این مرجع را مشاهده کنید.
شبکه‌های ریشه دار و شبکه‌های بدون ریشه
دو نوع شبکه فیلوژنتیکی وجود دارد
شبکه‌های فیلوژنتیکی بدون ریشه: گراف بدون جهتی می‌باشد که معمولاً برگ‌های آن را با آرایه‌ها برچسب‌گذاری می‌کنند. روش‌های پرکاربرد بسیاری برای یافتن و ترسیم این نوع شبکه‌ها وجود دارد مانند Split و Quasi-median.
شبکه‌های فیلوژنتیکی ریشه دار: یک گراف جهت‌دار غیرمدور و ریشه داری است که معمولاً برگ‌های آن را با آرایه‌ها برچسب‌گذاری می‌کنند.
جستارهای وابسته
- گراف میانه
- شاخه‌بندی
- سامانه‌شناسی
- بیوانفورماتیک
- فیلوژنتیک محاسباتی
- فیلوژنتیک مولکولی
- رویان شناسی
- بافت شناسی
- درخت فیلوژنتیک
- میکرو بایولوژی
- ریخت شناسی
منابع
- ↑ Arenas, M (2008-10-15). "Characterization of Reticulate Networks Based on the Coalescent with Recombination". Mol Biol Evol. 25 (12): 2517–2520. doi:10.1093/molbev/msn219. PMC 2582979. PMID 18927089.
- ↑ Cardona, G (2008-12-15). "Extended Newick: it is time for a standard representation of phylogenetic networks". BMC Bioinformatics. 9 (532): 532. doi:10.1186/1471-2105-9-532. PMC 2621367. PMID 19077301.
- ↑ Legendre, P; Makarenkov, V (2002). "Reconstruction of biogeographic and evolutionary networks using reticulograms". Systematic biology. 51 (2): 199–216. doi:10.1080/10635150252899725. ISSN 1063-5157. PMID 12028728.
نرم افزار برای محاسبه شبکه فیلوژنتیک
- Network, Free Phylogenetic Network Software. Network generates evolutionary trees and networks from genetic, linguistic, and other data.
- Phylogeny programs, some of which compute phylogenetic networks
- List of programs for phylogenetic network reconstruction, evaluation, visualization, etc.
- SplitsTree
- Dendroscope
- Network inferring on the T-REX server
- TCS, Phylogenetic networks from DNA sequences or nucleotide distances using statistical parsimony.
- NetTest, Characterization of phylogenetic networks.
لینک به خارج
- A tutorial that reviews the terminology used for phylogenetic networks and covers both split networks and reticulate networks, their definition and interpretation.